San Jose dominerade och ledde med 2-1 när ett par sekunder återstod av ordinarie speltid då Henrik Sedin sköt och Ryan Kesler styrde in kvitteringspucken.
I suddens femte period kunde Vancouver avgöra efter det att San Joses målvakt Antti Niemi missbedömt ett isskott och stor hjälte blev Kevin Bieksa. Efter fyra perioder hade San Jose 48-26 i skott.
Henrik Sedin ökade på sin poängskörd i slutspelet och svarade för 2 assist.
Vancouver är nu klara för final för första gången sedan 1994.mot antingen Boston eller Victor HedmansTampa Bay.